სანდრო გირგვლიანის მკვლელობაში მსჯავრდებული შსს-ს ოთხი ყოფილი თანამშრომელი პატიმრობიდან გაათავისუფლეს იმ დანარჩენ 384 მსჯავრდებულთან ერთად, რომელთაც შეეცავალათ სასჯელის ფორმა - პატიმრობა და არასაპატიმრო სასჯელთა აღსრულებისა და პრობაციის ეროვნული სამსახურის ზედამხედველობას დაექვემდებარა, განაცხადა სასჯელაღსრულების და პრობაციის სამინისტრომ.

სამინისტროს განცხადებით, სასჯელის ფორმა შეეხო იმ პატიმრებს, რომელთაც აღიარეს და მოინანიეს დანაშაული, ითანამშრომლეს გამოძიებასთან,   სასამართლოსთან, მოიხადეს თავისუფლების აღკვეთის კანონით დადგენილი ვადა   და სასჯელაღსრულების დაწესებულებებში ყოფნის პერიოდში არ დაურღვევიათ შინაგანაწესი და რეჟიმი.

გია ალანია, შინაგან საქმეთა სამინისტროს კონსტიტუციური უსაფრთხოების დეპარტამენტის პირველი სამმართველოს მაშინდელი უფროსი, და იმავე დეპარტამენტის კიდევ სამი თანამშრომელი - ავთანდილ აფციაური, ალექსანდრე ღაჭავა და მიხეილ ბიბილურიძე 2006 წლის მარტში დააპატიმრეს. 2006 წლის ივლისში თბილისის საქალაქო სასამართლომ მათ რვა და შვიდწლიანი პატიმრობა შეუფარდა ზიანის მიყენებისთვის, რამაც 28 წლის სანდრო გირგვლიანის სიკვდილი გამოიწვია.

სააპელაციო სასამართლომ მათი განაჩენი 2006 წლის დეკემბერში ძალაში დატოვა. თუმცა, ერთი წლის შემდეგ უზენაესმა სასამართლომ მათ სასჯელის ვადა ექვსი თვით შეუმცირა. შემდეგ 2008 წლის ნოემბერში ოთხივეს ვადა განახევრდა პრეზიდენტის შეწყალების აქტით.

გირგვლიანის მკვლელობის საქმე 2006 წელს მთავარ პოლიტიკურ საკითხად იქცა და კვლავაც დროდადრო ხდება მისი წამოწევა პოლიტიკური დაპირისპირების დროს იმ არსებული ბრალდებების გამო, რომ გამოძიებამ დამალა შსს-ის მაღალჩინოსანთა და შს მინისტრის მეუღლის შესაძლო კავშირი მკვლელობის საქმესთან.

კვირას ქართულმა მედიამ განაცხადა, რომ ოთხივე ყოფილი მსჯავრდებული საქართველოს კათალიკოს-პატრიარქს შეხვდა, რომელმაც კურთხევა მისცა მათ, რომ მომდევნო ერთი წელი მონასტერში გაატარონ; ტელევიზიებმა ასევე უჩვენეს სამების საკათედრო დაძარში გადაღებული კადრები, სადაც ოთხივე ყოფილი მსჯავრდებული სანთლებით ხელში დგანან.