საავადმყოფოს ექიმის, ზაზა ლურსმანაშვილის თქმით, პაციენტის მდგომარეობა გამთენიისას „მკვეთრად გაუარესდა, დაფიქსირდა გულის ოთხჯერ გაჩერების ეპიზოდი და რეანიმაცია დასრულდა წარუმატებლად“. მაჩალიკაშვილი ამ დრომდე უგონო მდგომარეობაში რჩებოდა და მართვით სუნთქვაზე იმყოფებოდა.

თემირლან მაჩალიკაშვილი თავის არეში იყო დაჭრილი. სუს-ის განმარტებით, სპეცოპერაციისას, ის სამართალდამცველებისთვის წინააღმდეგობის გაწევას და ხელყუმბარის აფეთქებას შეეცადა, რასაც სუს-ის მხრიდან „პროპორციული ძალის“ გამოყენება მოჰყვა. მაჩალიკაშვილის ოჯახის წევრები კი ამას უარყოფენ და აცხადებენ, რომ სამართალდამცველებმა ეჭვმიტანილს მძინარეს ესროლეს.

მაჩალიკაშვილის ოჯახის მოთხოვნით, პაციენტის შემდგომი მკურნალობის საზღვარგარეთ გაგრძელების მიზნით, ჯანდაცვის სამინისტრო მოლაპარაკებას სხვადასხვა ქვეყნის კლინიკებთან აწარმოებდა. საბოლოოდ, მისი გადაყვანა თურქეთის ერთ-ერთ კლინიკაში გადაწყდა, თუმცა მანამდე მაჩალიკაშვილის ოჯახმა რამდენჯერმე გამოთქვა ეჭვი, რომ კლინიკის შერჩევის პროცესში სუს-ი იყო ჩართული, რაც ოჯახის წევრების თქმით, დაჭრილი ახალგაზრდის სიცოცხლეს საფრთხეს შეუქმნიდა. 

მაჩალიკაშვილის ოჯახი და ადვოკატები პროკურატურისგან მოითხოვდნენ, რომ დაჭრილ ახალგაზრდას დაზარალებულის სტატუსი მინიჭებოდა და თავისი საპროცესო უფლებების დაცვის შესაძლებლობა მისცემოდა საქმეზე, რომლის გამოძიებაც პროკურატურამ სპეცრაზმელების მიერ უფლებამოსილების შესაძლო გადამეტების ფაქტზე დაიწყო. ისინი ასევე ადანაშაულებდნენ სუს-ს მაჩალიკაშვილის მიმართ უდანაშაულობის პრეზუმფციის დარღვევაში, რაც მათი თქმით, ტერორიზმში ბრალდებულ პირებთან მაჩალიკაშვილის კავშირის ამსახველი ვიდეოს გავრცელებაში გამოიხატა. ოჯახი მაჩალიკაშვილის ტერორისტებთან კავშირს კატეგორიულად უარყოფდა. 

თემირლან მაჩალიკაშვილი ერთ-ერთი იყო საქართველოს იმ ხუთ მოქალაქეს შორის, რომელთა დასაკავებლადაც 2017 წლის 26 დეკემბერს თბილისსა და ახმეტის მუნიციპალიტეტის სოფლებში სუს-ის კონტრტერორისტულმა დეპარტამენტმა სპეცოპერაცია ჩაატარა. სპეცოპერაციის შემდეგ, მაჩალიკაშვილის გარდა, დანარჩენ ოთხ მოქალაქეს, ახმედ ჩატაევის ჯგუფისათვის ტერორისტულ საქმიანობაში ფინანსური და სხვა სახის მატერიალური დახმარების აღმოჩენის ბრალდებით, წინასწარი პატიმრობა შეეფარდა. ამავე ბრალდებით, სუს-ის კონტრტერორისტულმა დეპარტამენტმა პანკისის ხეობაში კიდევ ერთი პირი, ზურაბ იდოიძე, 9 იანვარს ჩატარებული სპეცოპერაციის დროს დააკავა.